Un aspetto cruciale dello studio è stato l'analizzare le differenze tra i microbiomi intestinali. Si è visto così come ciascun modello dietetico porti a una "firma" microbica unica. I microbiomi nei soggetti onnivori mostrano una maggiore presenza di batteri associati alla digestione della carne, come l’Alistipes putredinis, coinvolto nella fermentazione delle proteine. Ma hanno più batteri “negativi”, come il Ruminococcus torques e il Bilophila wadsworthia, associati a malattie infiammatorie intestinali e a un aumento del rischio di cancro al colon.

I microbiomi di quelli vegani si differenziano per un numero maggiore di batteri coinvolti nella fermentazione delle fibre, come i Bacteroides e i Firmicutes, che aiutano a produrre acidi grassi a catena corta, come il butirrato. Questi composti hanno effetti benefici sulla salute intestinale, riducendo l'infiammazione e mantenendo un migliore equilibrio omeostatico con il nostro metabolismo e il sistema immunitario. Tra le persone vegetariane infine, la principale differenza rispetto a quelle vegane è la presenza di Streptococcus thermophilus, un batterio che si trova principalmente nei prodotti lattiero-caseari e che viene utilizzato nella produzione di yogurt. Lo studio ha sottolineato come la qualità della dieta – più che il modello dietetico in sé – influenzi la composizione del microbioma. Le persone con diete più salutari, sia vegane, vegetariane che onnivore, mostravano una composizione del microbioma più favorevole. Questo suggerisce che, indipendentemente dal tipo di dieta, l'inclusione di più alimenti vegetali e meno cibi a base animale, specialmente se altamente processati, può favorire una salute intestinale ottimale. Un altro aspetto innovativo della ricerca è stato lo studio del trasferimento di batteri dal cibo al microbioma. Gli scienziati hanno scoperto che i vegani avevano il minor numero di batteri associati al cibo nel microbioma, con l'eccezione di quelli derivanti da frutta e verdura, che erano maggiormente presenti. I vegetariani e gli onnivori, invece, mostravano una maggiore abbondanza di batteri legati ai latticini, specialmente quelli fermentati.
«Quello che abbiamo osservato – sottolinea Nicola Segata – è che la quantità e la diversità di cibi di origine vegetale ha un impatto molto positivo sul microbioma. Il singolo fatto di evitare carne o prodotti caseari non necessariamente ha un effetto favorevole se non accompagnato, appunto, da diversità e qualità del cibo a prodotti a base vegetale. Dal punto di vista del microbioma, quello che possiamo raccomandare in linea generale è che è importante assumere molti alimenti vegetali, soprattutto ricchi di fibre. E che è importante la diversità del cibo». La ricerca rientra in un progetto di studio più ampio che tende a individuare i benefici di un certo regime alimentare in base al microbioma specifico di ogni persona o ogni gruppo di persone, in particolar modo per la salute cardiometabolica. La cosiddetta nutrizione di precisione.